Cluster Quimica Teorica

gaussian

gaussian 16 es un conjunto de herramientas de software para el modelamiento de estructuras electronicas en sistemas moleculares.

Nota

El container con gaussian16 esta en: /localapps/centos7.gaussian16.sif .

Usted puede correr gaussian16 en la Federacion de cluster de dos maneras:

  1. En una sesion iteractiva donde los resultados se esperan en tiempos no mayores a tres(3) horas y,

  2. mediante el envio de scripts donde se agenda su trabajo para ser ejecutado; normalmente son trabajos que reservan y usan los recursos entre 8 horas hasta 15 dias o lo asignado al proyecto del usuario.

Ejecutar gaussian16 en una sesion Interactiva via SRUN

Este procedimiento no requiere de agendamiento para reservar los recursos con los que ejecutara los procesos; Siempre y cuando esten disponibles y su programa no requiera mas de tres(3) horas reloj pared – wall-clock – de procesamiento; se ejecutara inmediatamente.

Luego de conectarse en una sesion –shell– en el nodo de logeo del cluster qteorica o usando el nodo de logeo de la Federacion de clusters, debe solicitar los recursos en una sesion interactiva usando el commando SRUN.

Si inicia sesion desde el nodo de la federacion debe adicionar el parametro -M NombreCluster, tambien deberia adicionar el parametro que indica el grupo de nodos –o particion– a los que va acceder con -p NombreParticion. en el ejemplo que sigue se reserva todo los recursos de un(1) nodo del cluster «irlande»:

srun -M irlande -p cpu.HigMem.q –pty /bin/bash -i

Si usted se logeo en un cluster asociado por omision los recursos se reservan en el cluster al que pertenece el nodo donde se logea.

srun -p debug –pty /bin/bash -i

Una vez inicie una sesion interactiva(-i) puede ejecutar el container

Para usar el software gaussian16 desde el container, debera informar a singularity los directorios a los que requiere tener acceso; la variable SINGULARITY_BINDPATH almacena estas rutas(path). Adicionalmente debe dar un valor a la variable GAUSS_SCRDIR que indica el directorio donde se almacenaran los archivos temporales.

Si usa bash puede hacerlo asi:

export  SINGULARITY_BINDPATH="/home/qteorica:/home/qteorica"
export GAUSS_SCRDIR="/home/qteorica/scratchsan"

En *sh puede hacerlo asi:

setenv SINGULARITY_BINDPATH /home/qteorica:/home/qteorica
setenv GAUSS_SCRDIR /home/qteorica/scratchsan

Luego ejecute singularity para usar una sesion shell y el software del container:

singularity shell /localapps/centos7.gaussian16.sif

El cambio en el prompt le indica que  ingreso alcontainer
"Singularity>"
Una vez en el container, puede correr gaussian16. p. ejem::

g16 < test0001.com >test0001.com.out

Ejecutar gaussian16 solicitando los recursos y agendando la ejecucion via scripts

En la federacion de Cluster del CECC los recursos son aportados por los cluster asociados y se comparten entre los usuarios, para garantizar un uso justo, todos deben realizar el envio de trabajos a través del sistema por lotes que ejecutará las aplicaciones en los recursos disponibles.

Crear un script para correr gaussian16

Un script para enviar su trabajo es un script de shell con algunas directivas que especifican la cantidad de CPU, memoria, tiempo a usar, numero de modos, etc., que el sistema interpretará al enviarlo con el comando sbatch.

Para ejecutar gaussian el script run_gaussian.sh podria contener:

#!/bin/bash   #El interprete que su script usa
#SBATCH --job-name=gauss16    #Nombre del Trabajo
#SBATCH -n 4  #solicita reservar  4 Core de CPU
#SBATCH -N 1  #solicita asignar un(1) nodo de computo donde esten disponibles 4 cores(linea anterior).
#SBATCH -t 0-00:30    #Su trabajo se ejecutara por 30 minutos, luego se eliminara; aun si no se completa.
#SBATCH -p debug      #Esta linea indica la particion de la cual se seleccionara los nodos requeridos.
#SBATCH --mem-per-cpu=4000    #Usted reservara 4G de memoria RAM por Tarea o Core de CPU.
#SBATCH -o output_%j.txt      #La salida de su trabajo sera redireccionada al archivo output_*JOBID*.txt
#SBATCH -e error_%j.txt       #La salida de errores de su trabajo sera redireccionada al archivo  error_JOBID.txt
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END #Se enviara un e-mail cuando Inicie y finalice su trabajo.
#SBATCH --mail-user=test@unal.edu.co  #El correo donde se enviaran notificaciones cuando inicie y finalice el trabajo.

     unset SINGULARITY_BINDPATH  #remuevo atributos y valores de la variable *SINGULARITY_BINDPATH*
     export SINGULARITY_BINDPATH="/homes:/homes"  #Permite acceso al directorio /homes vinculandolo al directorio /homes  dentro del container.
     *singularity exec /localapps/centos7.gaussian16.sif  /bin/sh script.sh* #Desde el container, ejecuto el contenido del  script *script.sh*

El contenido de script.sh es:

#!/bin/bash
        export GAUSS_SCRDIR="/home/qteorica/scratchsan/"
                g16 < test0001.com >test0001.com.out
Después puede agendar su ejecucion con::

sbatch -M qteorica run_gaussian.sh